El circuito de la carrera de la prueba está homologado. La distancia del circuito es de 21.097 metros. Los participantes de la media maratón darán una vuelta al mismo y dos los corredores de la maratón.

Las dos pruebas, Maratón y Media Maratón, realizarán su salida en el Paseo de Atapuerca s/n – 09002 Burgos (frente al Museo de la Evolución Humana).

El Maratón Burgos discurre por un circuito homologado por la RFEA.

La distancia del recorrido es de 21.097,5 metros. Los participantes de la media maratón darán una vuelta al mismo y los corredores de la maratón darán dos vueltas.

La salida y la meta están situadas frente al Museo de la Evolución Humana (Paseo de Atapuerca, s/n – 09002 Burgos).

El circuito es prácticamente llano, apto para batir marcas personales con sus largas avenidas; monumental, pasando por los principales hitos arquitectónicos y museísticos de la ciudad; y verde, discurriendo por parques y paseos arbolados. Además pasa por los tres Patrimonios de la Humanidad declarados por la UNESCO en la ciudad de Burgos: el Camino de Santiago, el centro histórico y la Catedral.

La salida está situada en el centro de la ciudad, junto al Museo Evolución Humana y el Palacio de Congresos Fórum Evolución, obras del arquitecto Juan Navarro Baldeweg.
Un larga recta paralela al río (C/ Valladolid) llevará a los atletas hasta el Paseo de Media Luna, cruzando el Arco del Amparo para encontrarse con el Monasterio de las Huelgas y seguir hasta las inmediaciones del Parque del Parral. En el entorno del campus universitario (Facultad de Económicas) se llega hasta el Hospital del Rey, con la Puerta de Romeros a la derecha
y la Ermita de San Amaro a la izquierda.

Se baja por el Paseo de la Universidad (Avda. José Mª Villacián Rebollo) y se vuelve a subir, en pleno itinerario del Camino de Santiago, todo ello a través del campus universitario de San Amaro (Facultad de Ciencias, Edificio I+D+I y CIBA) y del campus universitario de La Milanera (Escuelta Politécnica Superior y Facultad de Educación).

Tras un giro de 180º en el Barrio del Pilar, se baja de nuevo por el Paseo de la Universidad dejando a la izquierda las pistas de atletismo de San Amaro y se cruza el río Arlanzón por el Puente de Veterinaria hacia el Paseo de las Fuentecillas. Visualizando el Puente de la Universidad (Las Rebolledas) a la izquierda y la Fábrica Nacional de la Moneda y Timbre a la derecha se entra en la Barriada de San Juan Bautista, callejeando por sus estrechas calles con casas bajas se sale a la C/ Camino de Villalón hacia el Paseo de Fuentecillas para entrar en el Paseo de la Isla hasta la Plaza de Castilla y seguir por el Paseo de la Audiencia hasta C/ Eduardo Martínez del Campo.

Al entrar en la Plaza del Rey San Fernando por la calle Nuño Rasura, los atletas corren a los pies de la Catedral, que en 2021 celebra 800 años de la primera piedra.

Los corredores pasarán luego por el casco histórico (C/ La Paloma, C/ Laín Calvo girando en C/ San Juan hacia C/ Almirante Bomifaz) y atravesando la Plaza Mayor hacia el Ayuntamiento se llega bajo los soportales al Paseo del Espolón con sus característicos árboles plataneros.

Al final del Espolón queda el Teatro Principal a la derecha y el Palacio Provincial a la izquierda. Cruzando la Plaza de Mío Cid con su imponente estatua ecuestre y el Puente de San Pablo (vía Cidiana) se vuelve por el Paseo de Atapuerca y C/ Cartuja de Miraflores hasta la rotonda del Paseo de la Quinta desde donde se sube a la Avda del Arlanzón, una larga recta que discurre paralela al río Arlanzón.

Se pasa por la zona deportiva de El Plantío (estadio de fútbol, piscinas, pista de hockey) y el pabellón multiusos Coliseum hasta enlazar con el Bulevar del Ferrocarril, diseñado por los arquitectos suizos Herzog & De Meuron.

Tras una rotonda se gira a la derecha para entrar en la zona peatonal del arbolado Parque de la Quinta y se encara una larga recta final por la C/ Cartuja de Miraflores y Paseo de Atapuerca hasta la meta frente al Museo de la Evolución Humana.